Johann Schmelzer wurde 1969 in Koblenz geboren und erhielt seine erste Orgelausbildung in seiner Heimatgemeinde St. Peter bei Leo Braun; es folgte erster Klavierunterricht an der städtischen Musikschule Koblenz bei Eva Maria Waldraff.
Nach dem Abitur und Wehrdienst absolvierte er von 1990-1992 die kirchenmusikalische C-Ausbildung in Trier bei Wolfgang Oehms und Klaus Fischbach. Es schloss sich von 1992-1996 das Studium der katholischen Kirchenmusik (A) an der Johannes Gutenberg Universität in Mainz bei Prof. Peter A. Stadtmüller, Eberhard Volk und Matthias Breitschaft an, das er 1997 mit dem staatlichen A-Examen abschloss. Von 1990-1996 war Johann Schmelzer Kirchenmusiker an St. Peter in Koblenz. Hier gründete er den Jugendchor und den Motettenchor von St. Peter und konzertierte rege als Organist. Während des Studiums nahm er an der Altenberger Orgelakademie, diversen Kursen (u.a. bei Daniel Roth, Odile Pièrre, Olivier Latry und Harald Feller, Loic Maillé und Anders Bondemann) sowie mehreren Orgelimprovisationswettbewerben teil. Im Anschluss an das Studium folgten weitere Orgelstudien bei Prof. Gerhard Gnann.
Von 1997-2010 war Johann Schmelzer Seelsorgebereichskirchenmusiker in Troisdorf-Sieglar, dort Leiter mehrerer Chöre und Initiator der „geistlichen Abendmusiken an St. Johannes“. 2007 gründete er den Projektchor „Cantate“, mit dem er unter anderem drei Konzertreisen nach Kroatien unternahm.
Seit 2010 ist Johann Schmelzer Kirchenmusiker der Pfarreiengemeinschaft Vallendar/Urbar.
Hier initiierte er die Konzertreihe „Marzellinusmusik“ und ist Leiter mehrerer Chöre.